Begin juli 1940 werd de Falie gevorderd door de marine en omgedoopt tot de H.M.A.S. Falie (His Majesty’s Australian Ship). In de baai van Sydney kreeg zij nu de taak om binnenlopende schepen te controleren. Bij de ingang van Sydney Harbour was, nadat eind 1941 Japan ging deelnemen aan de oorlog, een net tegen vijandelijke onderzeeërs gespannen. Dat net had een drijvend gedeelte dat open kon draaien. Nadat Falie een schip om identificatie had gevraagd kon de barrière worden geopend. Grote, bekende schepen als de Queen Mary en Queen Elizabeth deden als troepenschepen Sydney aan en ook die werden door de Falie gecontroleerd. Eind mei 1942 voer zij als wachtschip buiten de haven van Sydney waar ze een Japanse dwergonderzeeër raakte die probeerde de haven binnen te komen.
Kanon
De Falie werd in 1943 omgebouwd tot bevoorradingsschip en ingezet in Papoea- en het toenmalige Nederlands Nieuw-Guinea en de eilanden ten oosten daarvan. Op de boeg en achtersteven werd een 20 mm kanon gemonteerd. De brandstoftanks hadden een capaciteit voor een afstand van ruim 4000 mijl, 50 militairen konden als deklading vervoerd worden. De taak van de Falie was om eilanden in Zuidoost-Azië te bevoorraden en ’s nachts troepen af te zetten op vijandelijk gebied.
In het najaar van 1945 eindigde de Tweede Wereldoorlog in de Pacific. De Falie werd in nauw overleg tussen de marine en de rechtmatige eigenaar Spencers Gulf Transport Company (zie deel 1) teruggebracht in haar oorspronkelijke staat. Opnieuw ging zij werken als lichter in het transport van graan. De windjammers waren vrijwel verdwenen, het waren stoom- en motorschepen die nu werden bevracht. Maar ook dit kwam tot een einde toen in 1951 het vervoer van graan in zakken werd vervangen door bulktransport. Dit veel efficiëntere vervoer en overslag vond plaats in de grotere havens, het lichterwerk was overbodig geworden.
Explosieven
Maar de Falie kreeg (alweer) een nieuwe rol toebedeeld; de mijnbouwactiviteiten namen na de oorlog in Australië sterk toe, alsmede de vraag naar explosieven voor seismologisch onderzoek voor het vinden van olie. Falie kreeg de opdracht om zoveel mogelijk bestemmingen van explosieven te voorzien. Vanuit Altona (ten oosten van Melbourne), waar een centrale opslag van explosieven was gevestigd, maakte zij onnoemelijk veel reizen. Vanaf 1952 zou het schip gedurende 15 jaar explosieven vervoeren naar havens langs de hele Oost- en Westkust van Australië en Tasmanië.
